農林科
- 農業政策擬定
- 農業區排水及產業道路基礎工程
- 農舍申請管理
- 農村再生計畫
- 野生動物保育及走私動物收容管理
- 農會及產銷班輔導、農藥及肥料管理
- 農業設施審查及補助
- 天然災害農損勘查及補助
- 山坡地管理、山坡地劃設及開發案件審核
- 農地違規使用查處
- 金門縣綠色休閒度假園區BOT案
- 督導本縣農試所、林務所及輔導縣農會
漁牧科
- 本縣特定漁業管理、漁業資源保育、漁港建設與管理、漁船與員管理、養殖漁業管理及漁民、漁業團體輔導
- 畜產業務、畜產運銷、防檢疫措施、屠宰場興建與管理、畜產品調節、酒糟再利用補助畜牧業者、畜牧團體輔導
- 督導水試所、畜試所、防疫所
- 輔導區漁會、金門縣肉品市場等業務
工商及投資發展科
- 商業登記、商品標示、核發大陸物品進口許可文件
- 公共安全聯合稽查、特定目的事業管理、核發電子遊戲場營業級別證
- 傳統市場、商圈、攤販管理
- 民生物資動員
- 公平交易及消費者保護
- 工廠登記及輔導、工業區公有土地租賃
- 盜採砂石暨礦業管理
- 督導陶瓷廠與工商發展投資策進會
- 輔導縣商業會與工業會等法定工協會
- 餐飲輔導、產業輔導與升級
- 加油站、自用加儲油設施、儲油業油槽登記、液化石油氣聯合稽查、取締違法經營油品稽查及石油管理
- 用電場所及專任電氣技術人員、用電設備檢驗維護業、電器承裝業管理及登記
- 公有房舍屋頂設置太陽光電發電設備標租計畫、節約能源
- 金門工商休閒園區之興建、營運、移轉BOT案
- 金門產遊博覽園區開發案
青創及產業輔導科
青年創業輔導業務
1.青年創業政策
2.青年創業活動
3.青創貸款資格審查
4.青創貸款廠商查核
產業輔導業務
1.產業博覽園區政策
2.產業博覽園區管理
3.其他輔導政策
4.其他輔導業務